12ENGINEERING
导航册落进代码:九条真接入,其余如实登记
哪些已经能被程序调用,
哪些只是地图上的一个名字
What is actually wired into chemdb-agent — verified endpoints, not intentions.
讲解这本导航册的同一天,册中资源被接进了本仓库的 MCP 服务器 chemdb-agent。原则只有一条:接入状态必须实测——端点通、字段对、测试过,才标“已接入”;其余 94 条只进资源目录(可检索、可查许可与访问方式),不冒充数据源。
| 编号 | 资源 | 接入方式 | 实测要点(2026-10-27) |
|---|---|---|---|
| 001 | PubChem | 适配器 | 3D 构象优先、电荷取自性质查询;限速 0.3 s/次 |
| 017 | Basis Set Exchange | 适配器(离线) | def2-SVP/TZVP 取基组文本,Pt 带 ECP;ORCA 输出用元素全名 |
| 020 | Materials Project | 适配器 | 形成能 + MP2020 校正标注;需 API key |
| 043 | ChEMBL | 适配器(本次新增) | 名称/SMILES/InChIKey 精确检索;molfile 为 2D 重原子,电荷解析 M CHG 行;5xx 退避重试 |
| 022 | AFLOW | OPTIMADE | 空页时客户端会误报 infinite loop,已按错误类型区分 |
| 029 | COD | OPTIMADE | 必须点名 response_fields 才返回坐标 |
| 023 | NOMAD | OPTIMADE(本次新增) | Si 检索 38395 条含团簇;加 nperiodic_dimensions>=1 后 25384 条周期结构 |
| 024 | JARVIS | OPTIMADE(本次新增) | 端点 /optimade/jarvisdft,API 1.1 字段兼容 |
| 025 | Materials Cloud | OPTIMADE(本次新增) | 本体是索引元数据库;结构查 MC3D-PBE-v1 子库 |
如实登记的未接入
OQMD(021):OPTIMADE 端点实测 502,目录里标 catalog,待恢复后接入。QCArchive(076):适配器为下一阶段占位(stub)。其余条目(含全部软件与社区类)只进目录:MCP 工具 search_resources 可按关键词/类别/接入状态检索这 103 条,但不会假装能从中取结构。
讲解
这一页是本讲解版与普通书评的分界线:导航的价值最终要落在“能不能被调用”上。九条接入覆盖了四种形态——REST 适配器(PubChem/ChEMBL)、专业 API(MP)、离线数据(BSE)、统一协议(OPTIMADE 五家)。下一次扩容的优先级也由此排出:先 QCArchive 补“带能量的分子数据”,再视 OQMD 端点恢复情况补材料覆盖。