04BIO
计算化学数据库与资源导航 2026
生物大分子与结构
Biomolecular structures
从晶体跨到生命体系：PDB 是实验结构的唯一权威，AlphaFold DB 把“预测结构”变成了默认起点，SCOP/CATH 管分类，DrugBank 与 BindingDB 管“蛋白—配体”的关系数据。
| 编号 | 资源 | 要点（据原文一句话定位） | 访问 | 本机接入 |
|---|---|---|---|---|
| 035 | Protein Data Bank www.rcsb.org | 实验测定的蛋白质与核酸三维结构总库，结构生物学与分子对接的起点。 | 免费 | |
| 036 | AlphaFold DB alphafold.ebi.ac.uk | AlphaFold 预测的蛋白结构库，覆盖数百万物种的蛋白质组。 | 免费 | |
| 037 | EMDB www.ebi.ac.uk/emdb | 冷冻电镜密度图数据库，与 PDB 中的原子模型互相补充。 | 免费 | |
| 038 | UniProt www.uniprot.org | 蛋白序列与功能注释的权威数据库，可直接下载 FASTA 用于建模。 | 免费 | |
| 039 | BMRB bmrb.io | 生物大分子核磁共振数据银行，收录化学位移、结构约束与弛豫数据。 | 免费 | |
| 040 | PDBbind+ www.pdbbind-plus.org.cn | 蛋白-配体复合物结合亲和力数据集，广泛用于打分函数开发与机器学习训练。 | 学术免费 | |
| 041 | BindingDB www.bindingdb.org | 公开的结合亲和力数据库，可按靶点或化合物检索 Ki、Kd 与 IC50。 | 免费 | |
| 042 | PLINDER www.plinder.sh | 大规模蛋白-配体相互作用数据集，提供高质量结构、界面标注与划分。 | 免费 |
讲解
一条分界线：实验结构（035 RCSB PDB、036 PDBe、038 EMDB）可进结构生物学的证据链；预测结构（037 AlphaFold）置信度看 pLDDT，低置信区不能当实验事实。做对接与口袋分析先从 PDB 拿复合物（042 PDBBind 是精制过的亲和力子集）；只查序列与功能注释去 UniProt（039）。本机的计算化学管线暂不接生物类——它们的记录粒度（链、残基、配体）与小分子/晶体不同，硬塞进同一 schema 会丢信息。