06–07METABOLISM & REACTIONS
计算化学数据库与资源导航 2026
代谢物、天然产物与反应通路
Metabolites, natural products & reactions
代谢与反应是化学信息的“动态面”：HMDB/MetaboLights 管代谢物与组学原始数据，COCONUT 管天然产物结构，KEGG 与 Reactome 管通路拓扑，USPTO 与 Pistachio 管反应记录本身。
| 编号 | 资源 | 要点（据原文一句话定位） | 访问 | 本机接入 |
|---|---|---|---|---|
| 053 | HMDB hmdb.ca | 人类代谢组数据库，收录代谢物结构、浓度与疾病关联信息。 | 免费 | |
| 054 | METLIN metlin.scripps.edu | Scripps 的代谢物质谱数据库，支持 MS/MS 谱图匹配与代谢物鉴定。 | 注册 | |
| 055 | MassBank massbank.eu | 开放质谱数据库，汇总多台仪器的正、负离子实测谱图。 | 免费 | |
| 056 | COCONUT coconut.naturalproducts.net | 天然产物化学结构数据库，适合天然产物虚拟筛选与化学空间分析。 | 免费 | |
| 057 | Open Reaction Database open-reaction-database.org | 开放反应数据库，标准化存储反应条件与实验结果，并提供 API。 | 免费 | |
| 058 | USPTO 反应数据集 figshare.com/articles/dataset/Chemical_reactions_from_US_patents_1976-Sep2016_/5104873 | Lowe 整理的美国专利反应数据（1976–2016），反应预测机器学习模型的经典训练集。 | 免费 | |
| 059 | Chemotion Repository chemotion-repository.net | 开源电子实验记录与反应数据仓库，可发布可引用的实验数据集。 | 免费 | |
| 060 | Rhea www.rhea-db.org | 生化反应数据库，提供酶催化的反应方程式与层级分类。 | 免费 | |
| 061 | BRENDA www.brenda-enzymes.org | 酶功能与动力学数据库，含 Km、kcat、抑制剂与生物来源信息。 | 学术免费 | |
| 062 | KEGG www.kegg.jp | 京都基因与基因组百科，提供代谢通路、酶与化合物之间的关联。 | 学术免费 |
讲解
先分清三层：分子层（053 HMDB、055 COCONUT）查一个代谢物/天然产物是什么；通路层（060 KEGG、061 Reactome）查它在哪条通路上；反应层（057 USPTO 专利反应、058 Pistachio）是逆合成与反应预测模型的训练粮。KEGG 的程序化访问要订阅（原文标“学术免费”指网页学术使用），自动化抓取前先看清条款——这是本册里最容易踩的许可点之一。