计算化学资源目录
1465 条去重后的资源，快照日期 2026-10-27。按类型浏览，或回到 统一搜索、网状查询。
数据库与研究资源（ChemDB Atlas · 103 条）
综合化合物与化学信息 7
- PubChem免费
全球最大的公开化学信息库，可按名称、结构或 CAS 号检索化合物性质、生物活性与文献。
- ChemSpider免费
英国皇家化学会（RSC）维护的结构数据库，聚合数百万化合物的性质与外部来源链接。
- CAS Common Chemistry免费
CAS 官方免费子库，适合用 CAS 号快速核对常用化学品的基础性质。
- NIST Chemistry WebBook免费
NIST 热化学、热物理与光谱数据总入口，气相离子热化学数据尤其实用。
- ChEBI免费
EBI 的化学本体数据库，提供化合物本体注释及其与生物医学实体的关联。
- Reaxys机构订阅
Elsevier 的反应与物质性质检索平台，支持逆合成分析与文献实验数据回溯。
- SciFinder-n机构订阅
CAS 旗舰检索平台，覆盖文献、物质、反应与专利，适合系统查新与专利检索。
量子化学基准与基础参数 12
- NIST CCCBDB免费
计算化学基准数据库，汇集实验与计算的几何、能量、振动频率等，可直接对比方法误差。
- GMTKN55免费
Grimme 组的主族热化学与反应能基准集，DFT 方法评测的事实标准之一。
- Minnesota Databases免费
Truhlar 组维护的多样基准库集合（M06、S22、MGCDB84 等），含几何与能量数据。
- ATcT免费
Active Thermochemical Tables，通过网络化评估给出高精度生成焓与键能。
- NIST-JANAF免费
经典热力学函数表，提供物质在宽温区内的 Cp、S、H 以及平衡常数。
- Burcat 热化学库免费
NASA 多项式热化学数据库，燃烧与反应机理建模的常用参数来源。
- ReSpecTh免费
燃烧反应机理与实验数据平台，含点火延迟、火焰速度等模型验证数据。
- NIST Kinetics免费
气相化学动力学实验数据检索库，可按反应物或产物查速率常数。
- IUPAC 气相动力学免费
IUPAC 气相动力学数据评估项目（现由 AERIS 托管），提供经评审的速率常数与光解数据。
- Basis Set Exchange免费
基组与赝势的一站式检索、下载平台，支持主流量化程序格式转换。
- SSSP免费
Materials Cloud 的标准固体赝势库，为可复现的固体 DFT 计算提供推荐设置。
- libxc免费
开源交换-相关泛函库，被主流量化与固体电子结构程序广泛调用。
材料与晶体结构 15
- Materials Project注册
美国能源部支持的 DFT 材料数据库，可检索结构、能带、相图与电池、催化性质。
- OQMD免费
开放量子材料数据库，提供百万级无机化合物的形成能与结构稳定性数据。
- AFLOW免费
高通量材料计算平台，提供结构原型、热力学与电子性质等大规模数据。
- NOMAD免费
欧洲的原始计算数据仓库，可上传、检索海量 DFT 计算数据及其元数据。
- JARVIS免费
NIST 的材料与分子数据平台，含 DFT 性质、力场与机器学习工具。
- Materials Cloud免费
EPFL 托管的开放材料数据与工具门户，含二维材料、SSSP 与 AiiDA 工作流。
- C2DB免费
二维材料计算数据库，提供数百种单层材料的结构稳定性与电子、磁性质。
- ICSD机构订阅
无机晶体结构数据库，收录实验测定的晶体结构，通常需机构订阅。
- Cambridge Structural Database机构订阅
剑桥结构数据库（CSD），有机与金属有机晶体结构的权威来源。
- Crystallography Open Database免费
开放晶体学数据库，免费提供数十万条晶体结构 CIF 文件。
- AMCSD免费
矿物与相关固体的晶体结构库，适合矿物学与地球化学研究。
- Bilbao Crystallographic Server免费
晶体学对称性服务器，可查空间群、不可约表示与相变对称性。
- Catalysis-Hub免费
催化表面吸附能与反应能数据库，汇总多个研究组的 DFT 计算结果。
- Matbench免费
材料机器学习基准套件，含 13 个性质预测任务与固定数据划分。
- Matbench Discovery免费
材料发现专用基准，评估机器学习势函数在稳定材料筛选中的实际表现。
生物大分子与结构 8
- Protein Data Bank免费
实验测定的蛋白质与核酸三维结构总库，结构生物学与分子对接的起点。
- AlphaFold DB免费
AlphaFold 预测的蛋白结构库，覆盖数百万物种的蛋白质组。
- EMDB免费
冷冻电镜密度图数据库，与 PDB 中的原子模型互相补充。
- UniProt免费
蛋白序列与功能注释的权威数据库，可直接下载 FASTA 用于建模。
- BMRB免费
生物大分子核磁共振数据银行，收录化学位移、结构约束与弛豫数据。
- PDBbind+学术免费
蛋白-配体复合物结合亲和力数据集，广泛用于打分函数开发与机器学习训练。
- BindingDB免费
公开的结合亲和力数据库，可按靶点或化合物检索 Ki、Kd 与 IC50。
- PLINDER免费
大规模蛋白-配体相互作用数据集，提供高质量结构、界面标注与划分。
药物、生物活性与化学空间 10
- ChEMBL免费
EBI 的生物活性数据库，整合药物、靶点与测定数据，是药物机器学习首选。
- DrugBank学术免费
药物与靶点知识库，含已上市及在研药物信息，学术访问免费。
- ZINC免费
可购买化合物的虚拟筛选库，提供多种预处理格式与三维构象。
- Enamine REAL商业
超大规模可合成化合物库，适合按需订购与十亿级虚拟筛选。
- Guide to Pharmacology免费
IUPHAR 的受体、离子通道与配体数据库，人工注释质量高。
- DUDE-Z免费
分子对接评测的诱饵分子集，用于检验虚拟筛选方法的富集能力。
- Tox21免费
美国联邦毒理研究计划数据门户，提供 21 世纪毒理学测试数据。
- EPA CompTox免费
美国 EPA 化学品仪表盘，整合毒性、暴露与化学性质数据。
- ADMETlab 3.0免费
在线 ADMET 性质预测平台，输入 SMILES 即可获得成药性与安全性评估。
- Therapeutics Data Commons免费
治疗数据共享平台，汇集药物发现相关的机器学习数据集与基准。
代谢物、天然产物与质谱 4
- HMDB免费
人类代谢组数据库，收录代谢物结构、浓度与疾病关联信息。
- METLIN注册
Scripps 的代谢物质谱数据库，支持 MS/MS 谱图匹配与代谢物鉴定。
- MassBank免费
开放质谱数据库，汇总多台仪器的正、负离子实测谱图。
- COCONUT免费
天然产物化学结构数据库，适合天然产物虚拟筛选与化学空间分析。
反应、合成与生化通路 6
- Open Reaction Database免费
开放反应数据库，标准化存储反应条件与实验结果，并提供 API。
- USPTO 反应数据集免费
Lowe 整理的美国专利反应数据（1976–2016），反应预测机器学习模型的经典训练集。
- Chemotion Repository免费
开源电子实验记录与反应数据仓库，可发布可引用的实验数据集。
- Rhea免费
生化反应数据库，提供酶催化的反应方程式与层级分类。
- BRENDA学术免费
酶功能与动力学数据库，含 Km、kcat、抑制剂与生物来源信息。
- KEGG学术免费
京都基因与基因组百科，提供代谢通路、酶与化合物之间的关联。
光谱与波谱 6
- HITRAN免费
高分辨率分子光谱数据库，大气探测与燃烧诊断的标准谱线来源。
- ExoMol免费
系外行星与高温分子谱线库，覆盖大量小分子的完整 rovibronic 谱线。
- JPL Molecular Spectroscopy免费
JPL 微波、毫米波分子谱线目录，射电天文与气相光谱研究常用。
- CDMS免费
科隆分子光谱数据库，提供气相分子的转动与振动谱线数据。
- SDBS免费
日本 AIST 谱图数据库，可检索 IR、Raman、NMR 与 MS 实测谱。
- NIST Atomic Spectra Database免费
NIST 原子光谱数据库，提供原子能级、谱线与跃迁概率。
机器学习数据集与势函数 11
- QM9免费
13.4 万个小有机分子的量子化学性质（几何、能量、振动等），分子机器学习入门标配。
- QM7 / QM7b / MD17免费
经典分子机器学习数据集族，含库仑矩阵表示与分子动力学轨迹的能量、受力数据。
- ANI-1免费
约两千万个小分子构象的 DFT 能量数据集，ANI 系列机器学习势函数的训练基础。
- OC20 / OC22免费
Open Catalyst 项目的大规模催化表面吸附数据集，用于训练通用机器学习势函数。
- PubChemQC免费
基于 PubChem 的大规模电子结构数据库，含 2.2 亿分子的 PM6 与 8600 万分子的 B3LYP 数据。
- Alexandria免费
百万级分子的 DFT 性质数据集，适合训练通用分子表示与性质预测模型。
- tmQM免费
过渡金属配合物的量子化学数据集，填补有机分子数据集在金属化学上的空白。
- QCArchive免费
MolSSI 的量子化学计算数据平台，可检索、共享与复用计算结果。
- Open Graph Benchmark免费
图神经网络基准套件，包含分子图性质预测等任务与标准划分。
- DeepChem / MoleculeNet免费
DeepChem 生态的分子机器学习数据集与 MoleculeNet 基准合集。
- NIST Interatomic Potentials免费
NIST 原子间势函数库，收录 EAM、MEAM 等经典势参数与评估工具。
软件、平台与计算入口 20
- ORCA学术免费
学术免费的高效量子化学程序，DFT、MP2、CCSD(T) 与多参考方法齐全。
- Gaussian商业
商业量子化学软件的标杆，方法覆盖广、生态成熟、教程与文献极多。
- Q-Chem商业
商业量子化学程序，擅长激发态、溶剂化与高端电子结构方法。
- Psi4免费
开源量子化学程序，适合脚本化工作流、方法开发与教学。
- NWChem免费
开源大规模并行量子化学程序，适合集群上的大体系计算。
- GAMESS免费
经典开源量子化学程序，方法齐全、教程与社区资源丰富。
- CP2K免费
开源固体与液体 DFT、分子动力学程序，擅长大规模周期体系。
- Quantum ESPRESSO免费
开源平面波 DFT 程序，固体与赝势计算的标准工具之一。
- VASP商业
商业平面波 DFT 程序，材料科学与表面催化领域使用极广。
- LAMMPS免费
开源分子动力学引擎，擅长大规模体系、粗粒化模型与自定义势函数。
- GROMACS免费
开源生物分子分子动力学程序，性能与生态俱佳。
- OpenMM免费
GPU 加速的分子动力学工具包，适合自定义力场与 Python 工作流。
- AutoDock Vina免费
开源分子对接程序，速度与精度平衡，常用于虚拟筛选与结合模式预测。
- RDKit免费
开源化学信息学工具包，分子读写、描述符计算与构象生成必备。
- ASE免费
原子模拟环境，统一封装多种 DFT 与分子动力学程序，适合高通量筛选。
- AiiDA免费
材料计算工作流与数据管理平台，强调可复现性与数据溯源。
- Avogadro免费
跨平台分子建模与可视化工具，适合搭建与检查初始结构。
- MolSSI免费
分子科学软件研究所，提供软件、数据集、标准与培训资源。
- Multiwfn免费
波函数分析与可视化程序，支持电子密度、EDA、NCI、激发态等分析，中文教程完善。
- Rowan商业
云端量子化学平台，可通过网页或 API 提交任务，适合快速获得可靠性质。
社区与中文入口 4
- 计算化学公社免费
中文计算化学社区，教程、答疑与软件资源丰富，适合入门与查错。
- Sobereva 思想家公社免费
Sobereva 的博客，含大量量子化学入门、Multiwfn 与实用技巧长文。
- X-MOL免费
中文化学与材料文献平台，可跟踪期刊、主题与最新研究进展。
- CCL免费
Computational Chemistry List，国际计算化学邮件列表与资源索引。
中文讲解见 19 章讲解。