MOLASTRIA · CODE DESK
开源代码台Code Desk
计算化学的开源代码，从“找到”到“跑起来”：给一个分子写好各个程序的输入，读懂算完的输出，查清一个软件能不能放心用，再到全世界的公开代码里找实现。全部在你的浏览器里完成，输入的分子和输出不会上传。
分子
在你的浏览器里搭几个构象、补齐氢，用 MMFF94 力场各自优化，按力场能量排好，填进下面的坐标框。第一次要从 jsDelivr 下载约 2.5 MB 的 OpenChemLib。力场结构只是起点，正式计算前请先用 xTB 或 DFT 优化。
运行：
程序输出
把输出文件贴进来，或者选一个文件。认得 xTB、ORCA、Psi4、Gaussian、PySCF、NWChem、CP2K 和 Q-Chem；只在浏览器里读，不上传。除了能量和收敛，还读出每一步的结构（xTB、ORCA、Psi4、Gaussian、NWChem、Q-Chem）：可以 3D 查看优化轨迹、下载 XYZ，或者把最后的结构送回“写输入”。
读到的结果
还没有输出。
两个能量相减
思路借鉴开源的 cclib （BSD-3，Python 库，能读十几种程序），这里的读法是为网页另写的、只取最常用的几项；每一步的结构和 SCF 能量对照 cclib 读同一批真实输出的结果核对过。要做批量分析，请直接用 cclib。NWChem（7.2.2）和 CP2K（2026.2）的读法用本页生成的输入真跑出来的输出核对过，Q-Chem 的用 cclib 收的 Q-Chem 5.4 和 6.0 真实输出核对。CP2K 默认输出里没有 HOMO–LUMO 能隙，这一项不读。
分子列表
一行一个分子：先写 SMILES，空一格再写名字（可以不写）。最多 200 个，在你的浏览器里用 RDKit 算，不上传。
描述符、子结构匹配和 Morgan 指纹（半径 2，2048 位）都由 RDKit.js （BSD-3）在浏览器里算，第一次要从 jsDelivr 下载约 7 MB。cLogP 是 Crippen 的原子贡献法估算，不是实验值。
一个分子
算完后点表格里的一行，这里显示它的结构、InChI 和全部描述符。
描述符表
同一张表的 RDKit Python 脚本（pip install rdkit pandas）：适合几千个分子的批量计算或接进自己的流程。
| 还没有计算。 |
Lipinski 五规则：分子量 ≤ 500、cLogP ≤ 5、氢键供体 ≤ 5、受体 ≤ 10，最多违反一条算通过（Lipinski 2001）；Veber 规则：可旋转键 ≤ 10 且 TPSA ≤ 140 Ų（Veber 2002）。两条都是口服药的经验规则，不适用于天然产物、抗生素和许多新药类型。
按结构搜 PubChem
画一个结构或写一个 SMILES，在 PubChem 的一亿多个化合物里找相似的、含有这个子结构的，或者就是它本身。浏览器直接问 PubChem，不经过本站；本站只把结果整理成表，再用 RDKit 算一遍相似度。
| 还没有搜索。 |
“相似结构”按 PubChem 自己的 881 位二维指纹（PubChem fingerprint）的 Tanimoto 筛选，PubChem 不返回具体分数；表里的“Morgan 相似度”是 RDKit 在你的浏览器里用 Morgan 指纹（半径 2，2048 位）重算的，表格按它从高到低排。两种指纹看的东西不一样，过了 PubChem 的下限、Morgan 值却不高是正常的。“含有这个子结构”最多列 20 个，PubChem 不保证是哪 20 个。
查一个软件
数据来自 PyPI、OSV 、Software Heritage 和 GitHub 的公开接口，由你的浏览器直接去问；哪一家没回答，就只显示链接。许可证的结论是给 MolAstria（MIT 许可、有 Pro 收费）这样的项目的一般性说明，不是法律意见。
许可证速查
“公开可见”不等于“随便用”。下表是各类许可证在五种用法下的一般结论：可以、有条件、不行。
在公开代码里找实现
研究一个开源项目时看什么
- 别只看 README：还要看核心实现、测试（数值有没有对照）、示例能不能跑，以及文档里的理论和参数说明。
- 记下确切的版本：标签或提交哈希，最好再加 Zenodo DOI 或 Software Heritage 的 SWHID；不要只记一个会变的 main 分支链接。
- 读一读 LICENSE 和 CITATION.cff：模型权重和数据集常有自己的许可证。
- 从软件包反查源码：PyPI、conda-forge 的页面上都有“源代码”链接。
- 从论文反查代码：论文的“代码可用性”一节、补充材料和作者主页。