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目录来自你提供的成果包(2026-10-27),接入状态按 chemdb-agent 0.2.0 核对(2026-11-06);本页不联网测试外部端点。“已有接入模块”表示 chemdb-agent 里有实现并通过了测试;各数据源的实测情况见 Agent 工程页。
让资源地图,走进研究流程。
chemdb-agent 是一个计算化学 MCP 服务器。这里呈现源码的实际能力、使用方式与下一步工程路径。
当前能做什么
search_resources 按关键词、类别和接入状态检索 253 条;catalog_status 列出全部数据源(是否带能量、是否要 key、许可)和本地数据。
search_structures 并行查 15 家 OPTIMADE、NOMAD 原生接口与 Materials Project(需 MP_API_KEY)。Alexandria、MC3D、NOMAD 带总能量,Alexandria 与 NOMAD 还带力和应力;化学式写法不限。
search_molecules 查 PubChem(三维构象)、ChEMBL 与 ChEBI(二维重原子结构);get_record 取完整记录,结果缓存 7 天。
UnifiedRecord 统一为 eV、Å、eV/Å、eV/ų;Hartree、Bohr、J、m、N、Pa、kbar 按来源换算,原始单位留档。理论级别键区分方法、基组、截断能、程序与能量修正。
find_qm_data 在 QCArchive 两个公共服务器上按名称、方法、基组找数据集;fetch_dataset_shard 把一段下载到本地目录并建索引,保留理论级别、来源和许可。
export_training_set 写 extxyz 或 ASE 数据库,附逐条来源清单(来源、理论级别、许可、获取时间);理论级别不一致时拒绝并说明差别,纯结构记录不能导出。
run_calculation 把分子(SMILES 或 XYZ)交给 MolAstria 计算接口,用 UMA、eSEN、AllScAIP、ANI-2x 做单点、优化、频率等 11 种计算;get_calculation 取结果,compute_status 看 GPU 在不在线。需要免费的 MOLASTRIA_API_KEY;算力是站长电脑上的 RTX 2080,尽力而为,可能离线。
每个数据源单独超时与重试,失败只记在该来源上;没有 MP_API_KEY 时说明怎么配置,其他库照常返回。
跨库去重;AFLOW、JARVIS、OQMD、GNoME 的能量字段;OMol25 等需授权的数据集;直接生成 MACE / SchNetPack 训练配置。
按研究任务选一条路径
选择任务后,这里会更新推荐数据源与操作步骤。这是研究路径说明,未执行联网查询。
从本地运行开始
Materials Project 官方接口需在项目目录的 .env 里设置 MP_API_KEY,不设也能用其余数据源;要用计算工具再加一行 MOLASTRIA_API_KEY(在账号页生成,免费)。代码示例中的路径须替换为项目的实际位置;网页不会保存 API key。
下一步工程路线
想用开源小模型训练自己的化学 Agent?看 训练指南:最新小模型对比、数据构造、LoRA 与 GRPO 代码。
跨库去重与合并
把同一结构在不同库里的记录合成一条,保留各自的来源、能量与理论级别。
补全带能量的数据源
映射 AFLOW、JARVIS、OQMD 的能量字段,接入需授权的 OMol25 等数据集。
对接训练框架
由导出的 extxyz 与来源清单直接生成 MACE、SchNetPack 的训练配置。